Instalación del paquete de R ntbox

Rusby G. Contreras-Díaz\(^{1}\) y Luis Osorio-Olvera\(^{2,3}\)

14/11/2020

Este documento es un tutorial de instalación del paquete ntbox, publicado en el artículo:

Osorio-Olvera L, Lira-Noriega A, Soberón J, Peterson AT, Falconi M, Contreras-Díaz RG, Martínez-Meyer E, Barve V, Barve N. 2020. ntbox: An r package with graphical user interface for modelling and evaluating multidimensional ecological niches. Methods in Ecology and Evolution 11(10): 1199-1206. DOI: 10.1111/2041-210X.13452

¿Qué es ntbox y para qué sirve?

NicheToolBox (ntbox) es un paquete de R con interfaz gráfica de usuario (GUI) que permite realizar la calibración y selección de modelos, incorporando herramientas para explorar, modelar y evaluar nichos y distribuciones de manera intuitiva para usuarios tanto principiantes como expertos.

ntbox permite a los usuarios realizar todos los pasos de procesamiento involucrados en el modelado de nicho ecológico: descargar y limpiar datos de presencia, obtener y transformar capas de datos ambientales, seleccionar variables ambientales, explorar relaciones entre espacios geográficos y ambientales, calibrar y seleccionar modelos de elipsoides, evaluar modelos utilizando las pruebas binomial y ROC parcial, evaluar el riesgo de extrapolación y realizar operaciones del sistema de información geográfica a través de la GUI.

Paso 0. Antes de instalar ntbox

Instalar la versión 4.0.3 de R desde CRAN y Rtools (exclusivamente para usuarios de Windows), y si hacemos uso de RStudio también actualizaremos a versión 1.3.1093. Cabe destacar que Rtools facilita la compilación y el mantenimiento de R y las bibliotecas del sistema que necesitan los paquetes de R en Windows. Los links para la descarga son:

Paso 0.1. Instalación de Rtools

Para usar Rtools, descargue el archivo ejecutable desde CRAN:

Paso 0.2. Actualizar el PATH

Una vez completada la instalación de Rtools, debemos realizar un paso más para poder compilar paquetes de R: debemos colocar la ubicación de las make utilities de Rtools (bash, make, etc.) en el PATH.

En RStudio ejecutaremos la siguiente línea de código:

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

Paso 0.3. Verificaremos el procedimiento anterior

Ahora reinicieremos R, vamos al menú Session y de ahí Restart R o bien presionamos las teclas Ctrl+Shift+F10.

Posteriormente verificaremos que se pueda encontrar make, esto debe mostrar la ruta a la instalación de Rtools, mediante la ejecución de la siguiente línea de código:

Sys.which("make")
# "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"

Si esto funciona, intentaremos instalar un paquete de R desde source:

install.packages ("jsonlite", type = "source")

Si tenemos éxito, ¡estamos listos para instalar ntbox!

Paso 1. Instalaremos las dependencias del paquete ntbox

Teclearemos en RStudio la siguiente línea de código:

install.packages(c("devtools", "R.methodsS3", "R.oo", "sp","sys",
                   "openssl", "rstudioapi","waldo", "colorspace",
                   "crul", "data.table", "stringi", "zip",
                   "cpp11", "clipr", "readr", "knitr", "fs",
                   "statmod", "openxlsx", "matrixStats",
                   "conquer", "lme4", "R.utils", "lubridate",
                   "rgbif", "mnormt", "DT", "covr", "usethis",
                   "maptools", "quantreg", "tinytex", "xts",
                   "sdmpredictors", "spocc", "V8",
                   "ade4","psych", "devtools", "fields", "car",
                   "shinyjs", "rasterVis", "googleVis",
                   "rmarkdown", "XML", "dismo", "shinyFiles",
                   "raster"))

Aparecerá un aviso que nos pregunta si queremos reiniciar la sesión de R, responderemos “NO”.

Paso 2. Reiniciar R

Una vez completada la instalación de las dependencias del paso anterior, reiniciamos la sesión de R, vamos al menú Session y de ahía la opción Restart R o bien Ctrl+Shift+F10.

Paso 3. Instalación de ntbox

Instalamos ntbox con la siguiente línea de código:

devtools::install_github("luismurao/ntbox")

Posteriormente, en la consola de R se nos solicitará elegir una opción y respondemos opción 3: None. Muy posiblemente en en este paso se nos enlisten más dependencias por instalar, aún así elegiremos la opción 3.

Las dependencias faltantes las instalaremos posteriormente por la vía de install.packages().

install.packages(c("rprojroot", "magick", "Rdpack"))

¡¡¡MUCHO OJO!!! ESTAS DEPENDENCIAS FALTANTES PUEDEN SER DIFERENTES EN CADA COMPUTADORA.

Paso 4. Ejecución del paquete

Para iniciar la interfaz gráfica de usuario de ntbox ejecutaremos la siguiente línea de código:

library(ntbox)
run_ntbox()

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